Правовые основы деятельности МНС РФ не исчерпываются названными актами. Их перечень содержит десятки наименований, они изменяются и дополняются в связи с переменами в экономической и политической жизни общества.

Следующим этапом данной работы стало рассмотрение системы, структуры и функций налоговых органов. После придания им статуса Министерства РФ по налогам и сборам, а также с введением в действие Налогового кодекса РФ, в системе и структуре этих органов мало, что изменилось, зато прибавилось функций.

Структура налоговых органов в РФ трехуровневая:

- Федеральный уровень - Министерство РФ по налогам и сборам – центральный федеральный орган исполнительной власти;

- Региональный – управления МНС РФ по субъектам РФ, межрегиональные инспекции МНС России;

- Местный – инспекции МНС РФ по районам, городам без районного деления, районам в городах и межрайонного уровня.

Система налоговых органов построена в соответствии с административным и национально-территориальным делением, принятым в РФ. Основным элементом в этой системе являются инспекции МНС РФ по районам, городам без районного деления и районам в городах, на них возлагается основная нагрузка по непосредственному контролю за исполнением налогового законодательства всеми физическими и юридическими лицами на обслуживаемой территории. Второе звено включает в себя межрегиональные инспекции МНС РФ субъектов Российской Федерации, они решаю те же задачи, но в большей степени путем организационно – методических функций. Возглавляет систему налоговых органов Министерство РФ по налогам и сборам. Центральный аппарат в дополнение к тем функциям, которые выполняет местное звено налогового органа, организует, координирует и контролирует работу Инспекций МНС РФ; осуществляет аналитическую и статистическую деятельность; разрабатывает и издает инструктивные и методические указания и другие документы по применению налогового законодательства; осуществляет контроль за актами, связанными с налогообложением, издаваемыми министерствами, ведомствами и другими организациями; участвует в выработке налоговой политики, подготовке проектов законодательных актов и международных договоров о налогообложении; решает вопросы международного сотрудничества. Структурная схема каждой, отдельно взятой, инспекции МНС РФ подвижна, она определяется характеристикой обслуживаемой территории и объемом работы.

Что касается функций налоговых органов, к функциям по обеспечению учета налогоплательщиков, контроля за выполнением налогоплательщиками и другими участниками налоговых отношений налогового законодательства, осуществление исчисления окладных налогов, ведения оперативно-бухгалтерского учета сумм налогов и сборов, применения мер по пресечению нарушений налогового законодательства, а также ответственности к его нарушителям; прибавились и совершенно новые: осуществление лицензирования деятельности по производству и обороту этилового спирта, спиртосодержащей, алкогольной и табачной продукции и обеспечения контроля за соблюдением условий указанной деятельности, осуществление разъяснительной работы и информирование налогоплательщиков о порядке применения налогового законодательства, регистрации контрольно-кассовых машин контроль за соблюдением правил их использования, а также функции валютного контроля.