Учет налогоплательщиков - одно из основных условий осуществления государственными налоговыми органими контроля за своевременным внесением налогоплательщиками налоговых платежей в бюджеты всех уровней и государственные внебюджетные фонды. Эти функции налоговые органы в полном объеме обеспечат, когда всем налогоплательщикам будет присвоены регистрационные номера налогоплательщиков (РНН).

С начала прянятия налогового законодательства регитсрационный номер налогоплательщика присваивался индивидуальным предпринимателям и частнопрактикующим нотариусам. С вступлением в силу Налогового Кодекса круг физических лиц, подлежащих постановке на учет в налоговых комитетах с присвоением налогового номера, расширяется. Налоговые органы будут присваивать РНН другим категориям налогоплательщиков - физических лиц, а именно: изъявившим желание получить РНН в целях сохранения конфиденциальности персональных данных при декларировании своих доходов; физическим лицам, получающим доходы помимо основного места работы от иных источников, плательщикам налогов на имущество физических лиц.Целесообразно решить вопрос о присвоении регистрационного номера налогоплательщика физическим лицам, получающим доходы на предприятиях, в учреждениях и организациях. В целях контроля за налогообложением иностранных физических лиц в соответствии с казахстанским законодательством и реализацией международных соглашений об избежании двойного налогообложения в Государственной налоговой службе Казахстана также необходимо иметь информацию об учетных данных иностранных физических лиц, осуществляющих деятельность и получающих доходы из источников в Республике Казахстан. Для этого следует разработать систему регистрации и учета таких иностранных физических лиц.

Однако, действующим законодательством не предусмотрено изготовление свидетельств о регистрации организаций и предпринимателей на бланках строгой отчетности с применением степеней защиты, в результате бланки свидетельств о регистрации предприятий изготавливаются типографским способом или путем ксерокопирования, печатаются на принтере на простой бумаге, без степеней защиты. В результате существует возможность подделки Свидетельств о государственной регистрации и уклонения как от постановки на налоговый учет, так и налогообложения.

Необходимо предусмотреть в законодательном порядке:

- изготовление бланков свидетельств о государственной регистрации юридических лиц и предпринимателей без образования юридического лица на бланках строгой отчетности со степенями защиты;

- предоставить право налоговым органам проведение экспертизы документов, представленных для государственной регистрации юридическими лицами и предпринимателями без образования юридического лица. В список обязательных докуметов для государственной регистрации включить справку об отсутствии задолженности по предприятиям, где учредителями или руководителями являются учредители - физические лица или руководитель вновь создаваемого предприятия;

- возможность взыскания финансовых санкций в бесспорном порядке налоговыми органами;

Процесс привлечения организаций к постановке на налоговый учет и налогообложению изначально имеет недоработки на законодательном уровне в части взаимодействия регистрационных, налоговых и правоохранительных органов.