Как видно, применение единого налога по специальным налоговым режимам вызвало большое количество нареканий и отрицательных откликов и выявило вопросы, требующие решения в значительной степени на федеральном уровне. В этих условиях представляется необходимым внесение ряда уточняющих поправок, а также дополнений в механизм исчисления единого налога, взимаемого по специальным налоговым режимам, которые позволят в максимальной степени учесть накопленную за истекшие годы практику применения действующего порядка системы налогообложения и помогут минимизировать ряд существующих проблем.

Плательщики единого налога, взимаемого по специальным налоговым режимам, продолжают уплачивать другие налоги согласно общему порядку налогообложения, страховые взносы на обязательное пенсионное страхование, а также выполняют функции налоговых агентов. При применении системы налогообложения в виде единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности и системы налогообложения для сельскохозяйственных товаропроизводителей сохраняется действующий порядок ведения учета - как и при общем режиме налогообложения.

Однако налогоплательщик, применяющий упрощенную систему налогообложения, обязан вести учет доходов и расходов для целей исчисления налоговой базы по налогу в специальной книге учета доходов и расходов, вместе с тем он должен, по общему порядку ведения бухгалтерского учета, отслеживать установленные законодательством критерии применения упрощенной системы налогообложения: численность работников, доход по итогам налогового (отчетного) периода, остаточную стоимость основных средств и нематериальных активов. У налогоплательщика сохраняются действующий порядок ведения кассовых операций и порядок представления статистической отчетности.

Сложности появляются также у налогоплательщиков, применяющих упрощенную систему налогообложения, когда некоторые виды деятельности подпадают под систему налогообложения в виде единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности. Таким налогоплательщикам следует вести два вида учета: ведение бухгалтерского учета в целом как при общем режиме налогообложения, при этом отдельно учитывая доходы и расходы для исчисления налоговой базы по единому налогу в специальной книге учета доходов и расходов. Здесь также возникает проблема пропорционального распределения доходов и расходов налогоплательщика по двум режимам. Кроме того, отсутствует порядок ведения раздельного учета физических показателей базовой доходности. Возникают следующие проблемы: как делить численность административно-управленческого персонала, обслуживающего на предприятии несколько видов деятельности, одним из которых является оказание бытовых услуг; как разделить площадь торгового зала, в котором одновременно осуществляется оптовая и розничная торговля. Ответов на эти вопросы законодательство не дает.

Наиболее остро проблема внедрения раздельного учета операций стоит в малонаселенных районах, где одна торговая организация обслуживает через магазины как население, так и больницы, школы, детские сады. Подобная ситуация возникает и у аптечных учреждений, осуществляющих отпуск медикаментов по льготным и бесплатным рецептам. В случае льготного отпуска, когда 50% стоимости лекарственных средств оплачивается больным, а 50% - безналичным расчетом, возникает необходимость ведения раздельного учета по каждой отпущенной таким образом единице медикаментов (упаковка, флакон и т.д.).

В конечном счете это усложняет бухгалтерский и налоговый учет, что может привести к значительным техническим и другого рода ошибкам. У налогоплательщиков возникает дилемма: держать в штате квалифицированного бухгалтера (но это не всегда выгодно налогоплательщику, так как возникают дополнительные расходы на заработную плату и отчисления на обязательное пенсионное страхование) или нанять стороннего специалиста, который будет оказывать услуги по ведению раздельного учета и составлению отчетности в организации. В последнем случае также возникает противоречие, поскольку затраты по оплате данных услуг не прописаны в перечне расходов по упрощенной системе налогообложения, по системе налогообложения для сельскохозяйственных товаропроизводителей и не могут быть приняты для целей налогообложения

На взгляд автора, кардинально можно было бы решить данную проблему, позволив всем налогоплательщикам единого налога, взимаемого по специальным режимам налогообложения, перейти на ведение учета доходов и расходов для целей исчисления налоговой базы по единому налогу в специальной книге учета доходов и расходов. Именно тогда применение одновременно двух специальных налоговых режимов не создаст сложностей у налогоплательщика. Для налогоплательщиков, применяющих разные системы налогообложения, необходимо установить дополнительно учет тех показателей, которые непосредственно влияют на исчисление единого налога. Так, например, для тех, кто применяет систему налогообложения в виде единого налога для отдельных видов деятельности, - размер торговой площади, количество работающих, время работы, сезонность и т.д., а для тех, кто применяет систему налогообложения для сельскохозяйственных товаропроизводителей, - показатель доли дохода от реализации произведенной ими сельскохозяйственной продукции и выращенной рыбы в общем доходе от реализации товаров (работ, услуг).