Налоговый контроль осуществляется путем применения различных приемов и способов, а также использования специальных процедур. Совокупность приемов, способов и процедур образует методы налогового контроля.

При этом необходимо выделить два уровня методов налогового контроля: общенаучные и специально-правовые методы. Общенаучные методы, такие, как анализ и синтез, статистические методы применяются при осуществлении любого вида деятельности, в то время как применение специально-правовых методов характерно именно для определенных видов деятельности, в частности таких, как контрольная деятельность. До проведения радикальных экономических реформ 90-х годов теоретической и практической разработкой методов и форм проведения контроля занималась преимущественно экономическая наука, которая создала теоретическую базу и основы классификации различных методов осуществления контроля. Во многом это объясняется тем, что контроль за хозяйственной деятельностью ранее осуществлялся в рамках ведомственных или межведомственных отношений организаций с контролирующими органами, в условиях, когда подконтрольная организация действовала в пределах установленных плановых заданий и не имела какой-либо существенной самостоятельности в сфере экономической деятельности. Поэтому выбор того или иного метода контроля не приводит к каким-либо существенным правовым последствиям, а юридическое значение имел только результат контрольной деятельности. Возможно, это была одна из причин того, что проблемам контроля и методам его осуществления было посвящено небольшое количество научных работ юридического профиля.

В настоящее время в условиях развивающегося гражданского оборота и полной экономической самостоятельности хозяйствующих субъектов методы и формы осуществления контрольной деятельности в сфере налогообложения значительно трансформировались, приобрели юридическую значимость и нашли закрепление в налоговом законодательстве. Сегодня неправильный выбор тех или иных форм, приемов и способов осуществления налогового контроля, а также несоблюдение регламентированного законодательными актами порядка осуществления контрольной деятельности может привести к значительным правовым последствиям, например к отмене решений, принятых на основании неправомерно полученных результатов налогового контроля, к признанию недействительными ненормативных актов контролирующих органов, к взысканию ущерба, причиненного в результате неправомерных действий уполномоченных лиц, и т.д. Деятельность налоговых и других уполномоченных органов вводится в соответствии с Налоговым кодексом в рамках правовой процессуальной формы. Впервые в законодательной практике регламентируются инструментарий и формы налогового контроля, определены понятие и содержание налоговых проверок, их специфические особенности применительно к различным задачам и объектам налогового контроля, при этом все действия налоговых органов имеют правовое основание.

Осуществление налогового контроля на практике происходит в рамках контрольно-процессуальной деятельности соответствующих органов, которые используют конкретные правовые формы и методы налогового контроля. Закрепление форм и методов осуществления контрольной деятельности на должном законодательном уровне имеет важное значение для регулирования отношений между органами и налогоплательщиками.

Необходимо отметить, что вопрос об определении методов и форм налогового контроля и их соотношении продолжает оставаться дискуссионным. Так, Налоговый кодекс определил формы проведения налогового контроля, причем некоторые из них ранее обычно относили к методам осуществления налогового контроля (например, осмотр помещений и территорий)[2].