На третьем этапе устраняется двойное налогообложение, возникающее по причине различий в определении облагаемого дохода в странах-партнерах. Такое двойное налогообложение, как правило, возникает в результате акций, предпринимаемых налоговыми властями в рамках их компетенции перераспределять в налоговых целях доходы налогоплательщиков. Такие права закреплены за налоговыми органами во внутреннем законодательстве большинства стран и подтверждены в статьях соглашения о предпринимательской прибыли, процентах и роялти.

Для остальных же случаев предусмотрен специальный порядок «решения по взаимному согласию» между компетентными властями (по соглашению), который распространяется не только на случаи двойного налогообложения, по и на любые случаи обложения не в соответствии с заключаемым соглашением. Таким образом, этот порядок является своего рода «последним прибежищем» во всем комплексе предусмотренных соглашением мер по устранению двойного налогообложения. Статьи «Процедура взаимного согласия» и о недопущении налоговой дискриминации с точки зрения налогоплательщика являются наиболее важными статьями соглашения, поскольку обеспечивают ему в конечном счете «международную» защиту от повторного или избыточного налогообложения в другой стране. Этого права он полностью лишен при отсутствии налогового соглашения. [14]

Важнейшее значение для отношений между странами имеет положение о недискриминации иностранных граждан и компаний. Впервые оно было включено в договор о торговле между Португалией и Великобританией в 1654 году и затем стало одной из основных статей во всех последующих торговых, консульских и других договорах, заключаемых между различными странами. Такие договоры обычно назывались договорами о дружбе, торговле и навигации и предусматривали распространение на граждан другой страны-партнера так называемого «национального режима», то есть всех тех свобод, привилегий и льгот, которые предоставляются местным гражданам. При этом специально оговаривалось, что национальный режим охватывает и вопросы налогообложения. Поскольку прямые налоги в те времена практически отсутствовали, налоговая оговорка действовала в основном для косвенных налогов и таможенных пошлин. [19, c.37]

Таким образом, статья о предоставлении национального налогового режима, включаемая в торговые соглашения, явилась своего рода прототипом современных налоговых соглашений. В настоящее время аналогичная статья о налоговой недискриминации является обязательным атрибутом всех общих налоговых соглашений. Более того, по некоторым своим признакам она является своего рода «соглашением в соглашении».

Таким образом, сфера действия статьи о недискриминации значительно шире сферы действия остальных статей и соглашения в целом. Исторически это объяснимо, поскольку, как уже говорилось, данная статья имеет свое происхождение от налоговой оговорки в торговых соглашениях, охватывающих всю совокупность отношений между государствами. Тем не менее включение такой широкой по своему содержанию статьи в соглашение, ограниченное вопросами о подоходных налогах и налогах на капитал, не может не вызвать удивления. Действительно, для стран, имеющих достаточно развитую систему мер по одностороннему устранению двойного налогообложения, одна эта статья в принципе уже могла бы выполнять роль налогового соглашения. [13, c.5]

Существует в международном налоговом праве еще такое понятие как «постоянное представительство», используется для определения налогового статуса (но не организационно-правовой формы) иностранного юридического лица. О данном понятии речь пойдет в следующем разделе.