В Налоговом Кодексе РФ нашла отражение позиция Конституционного Суда РФ, рассматривавшего пени не в качестве финансовых санкций, как это предусматривала ст. 13 Закона “ОБ ОСНОВАХ НАЛОГОВОЙ СИСТЕМЫ В РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ”, а как выплаты, носящие компенсационный (восстановительный) характер (постановление Конституционного Суда РФ от 17.12.96 N 20-П «По делу о проверке конституционности пунктов 2 и 3 части первой статьи 11 Закона РФ «О федеральных органах налоговой полиции»). В соответствии со ст. 75 Налогового Кодекса РФ пени относятся не к налоговым санкциям, а к способам обеспечения исполнения обязанностей по уплате налогов и сборов и взимается в безакцептном порядке. Размер пени установлен на уровне 1/300 ставки рефинансирования Центрального Банка РФ, но не более 0,1 процента в день за каждый день просрочки. Пункт 4 ст. 75 Налогового Кодекса РФ содержит важное положение: общая сумма пеней не может превышать неуплаченную сумму налога. Таким образом, выявление налогоплательщиком или налоговым органом при проверке достаточно давних нарушений больше не повлечет за собой уплату огромных сумм в виде пени, во много раз превышающих неуплаченный налог. Хотя с другой стороны при общем исковом сроке 3 года при ставке 0,1% больше 100% никак не наберется.

Срок давности взыскания налоговой санкции установлен в 3 месяца со дня обнаружения налогового правонарушения и составления соответствующего акта.