Современная система налогового администрирования в России переживает период своего становления. В этом процессе приходится преодолевать значительные трудности, связанные с рядом проблем, которые можно условно разбить на три группы:

1) необходимость налаживания налогового администрирования, наличие пробелов и недоработок в общих принципах налогового права;

2) недостатки в формулировках и режимах налоговых законов, регулирующих применение конкретных налогов. Среди них следует выделить законы, регулирующих налоги на доходы и имущество физических лиц и НДС;

3) недостатки в работе налоговых органов: в управлении и организационной структуре налоговых органов, в отношениях между вышестоящими и нижестоящими налоговыми органами, в отношениях налоговых органов с органами власти соответствующих административно-территориальных образований, в организации использования информационных возможностей других органов государственной власти и информации, находящейся в распоряжении «третьих лиц», а так же в практическом применении некоторых действующих режимов, правил и норм, формально закреплённых налоговым законодательством, но используемых либо с отклонениями, либо с недостаточной эффективностью. К последним относятся, например, применение налогового законодательства в отношении иностранных лиц (прежде всего из так называемого ближнего зарубежья), филиалов и иногородних подразделений российских компаний и предприятий, особо крупных собственников, получающих основные доходы не в форме заработной платы или официально выплачиваемых дивидендов на акции, и предприятий малого бизнеса.

Успешное осуществление общенациональной программы совершенствования налогового процесса предполагает проведение тщательной предварительной подготовки и планирования действий. Как представляется, такая программа должна охватывать практически все аспекты налогового администрирования – совершенствование организационной структуры налоговых органов, использования новых технологий налоговой работы, новые подходы к оказанию услуг и предоставлению консультаций налогоплательщикам, информационно-технологическое обеспечение, повышение квалификации кадров, разработка более высоких профессиональных стандартов деятельности сотрудников налоговых органов, укрепление материально-технической базы.

В этих целях в целом подготовлена и уже реализуется Федеральная целевая программа развития налоговых органов на 2002-2004 гг.

В соответствии с этим проектом начато внедрение единой унифицированной технологии работы налоговых органов, построенной по функциональному принципу (по видам налогов и категориям налогоплательщиков). Для отработки этой технологии избраны девять базовых регионов – Республика Башкорстан, Краснодарский и Ставропольский края, Ростовская область и др. В 2003 году эта работа разворачивалась в серию целого ряда мероприятий по модернизации налоговых органов, которые охватили 31-о региональное управление (407 инспекций), на долю которых приходится около 80% всех налоговых поступлений Российской Федерации.

Одновременно начато внедрение программного комплекса «Система электронной обработки данных ИМНС местного уровня», что потребует обучения более 55-ти тысяч сотрудников. Поставлена задача, чтобы до конца 2003 года не менее 50% налогоплательщиков представляли свою отчётность в электронном виде. При этом усиливается контрольная работа налоговых органов – в ней должно быть занято не менее 40% всего персонала налоговых инспекций. Центр тяжести контрольной работы переносится на камеральные проверки, которые должны включать оценку достоверности показателей налоговой отчётности на основе анализа внешних и внутренних источников информации (сейчас большая часть информации, поступающей из внешних источников, обрабатывается вручную, что негативно отражается на её актуальности), с применением методов, основанных на системе косвенных индикаторов. Внедряется также система автоматизированного отбора налогоплательщиков для проведения выездных проверок.

В 2002 году начата работа по реализации проекта «Модернизация налоговой службы – 2».

Для обеспечения эффективной работы местного и регионального уровней налоговых органов необходимо расширить объём взаимодействия с соответствующими подразделениями федерального казначейства, другими государственными органами, министерствами и ведомствами в части обмена информацией в электронном виде. В первую очередь это касается приёма сведений о платежах от подразделений федерального казначейства. Оперативный обмен этой информацией позволит существенно сократить непроизводительный труд инспекторов по вводу данных, уменьшит сроки взыскания недоимки и повысит обоснованность наложения санкций на налогоплательщиков за просрочку платежей. Обмен информацией в электронном виде с другими органами государственной власти, министерствами и ведомствами, позволит оперативно получать и использовать в аналитической работе налоговых органов косвенные сведения о хозяйственной деятельности налогоплательщиков, необходимы для контроля налогооблагаемой базы. В настоящее время эта информация поступает в основном на бумажных носителях, и у налоговых органов не хватает ресурсов для её перевода в электронную форму с целью дальнейшего использования в автоматизированном режиме. Важным элементом информационного взаимодействия является обмен информацией с налоговыми и таможенными органами государств ближнего зарубежья, особенно для уменьшения возможностей ухода от уплаты налога на добавленную стоимость путём нарушения законодательства о налогах и сборах при осуществлении экспортно-импортных операций.